شوراي علمي همايش، بالاترين مرجع علمي همايش است كه اعضاي اين شورا، عبارت‌اند از:
1. معاون پژوهش(رئيس)
2. دبير همايش
3. رؤساي هيئت‌هاي داوري، حسب مورد
4. سه تا پنج نفر از اساتيد برجسته و صاحب‌نظر، به پيشنهاد معاون پژوهش و تصويب شوراي سياست‌گذاري
ماده 10. وظايف و اختيارات شوراي علمي، عبارت است از:
1. تدوين آيين‌نامه‌هاي داوري همايش و معيارهاي ارزشيابي آثار، و پيشنهاد آن به شوراي سياست‌گذاري جهت تصويب
2. انتخاب و انتصاب اعضاي هيئت‌هاي داوري از بين اساتيد و صاحب‌نظران مربوط، براي هر يك از شاخه‌هاي علمي همايش
3. نظارت بر عملكرد هيئت‌هاي داوري و تأييد فرايند داوري
4. ارائه گزارش عملكرد به شوراي سياست‌گذاري
5. تعيين برگزيدگان نهايي و موارد ويژه همايش (در كنار بخش اصلي همايش، بخش ويژه در زمينه فعاليت‌هاي برجسته پژوهشي، نظير مراكز پژوهشي، كتابخانه‌ها، و شخصيت‌هاي پيشرو در حوزه پژوهش‌هاي اسلامي، با تشخيص شوراي سياست‌گذاري اجرا مي‌گردد)